ที่มาของมูลนิธิ
เพื่อแก้ไขวิกฤตศรัทธาต่อสังคมไทย ในด้านปัญหาการทุจริตคอร์รัปชันทั้งในภาครัฐและภาคเอกชน สำนักงาน ก.พ. จึงจัดตั้ง “โครงการประเทศไทยใสสะอาด” ขึ้นเพื่อปลุกจิตสำนึกให้คนไทยทุกคนทั้งนักการเมือง ข้าราชการ เจ้าหน้าที่ของรัฐนักธุรกิจ และประชาชนทั่วไป มีจริยธรรม มีคุณธรรม ไม่ทุจริตคอร์รัปชัน และถือประโยชน์ส่วนรวมเป็นสำคัญ และเพื่อสร้างแนวร่วมในการหยุดยั้งการทุจริตและประพฤติมิชอบในสังคมไทย
จากภารกิจของโครงการประเทศไทยใสสะอาดดังกล่าว เมื่อวันที่ ๑๐ สิงหาคม ๒๕๔๓ และวันที่ ๑๕ กันยายน ๒๕๔๓ คุณหญิงทิพาวดี เมฆสวรรค์ เลขาธิการ ก.พ. และนายพุธทรัพย์ มณีศรี ที่ปรึกษาระบบราชการ สำนักงาน ก.พ. ในขณะนั้น ได้เข้าพบ ฯพณฯ พลเอกเปรม ติณสูลานนท์ ประธานองคมนตรีและรัฐบุรุษ เพื่อขอรับคำปรึกษา การดำเนินการโครงการประเทศไทยใสสะอาด ซึ่ง ฯพณฯ พลเอกเปรม ติณสูลานนท์ ได้ แนะนำให้ขอคำปรึกษาจากนายมีชัย ฤชุพันธุ์ ซึ่งได้รับคำแนะนำว่า ควรจัดตั้งเป็นมูลนิธิ ทั้งนี้ เพื่อให้การดำเนินงานต่างๆ ของโครงการประเทศไทยใสสะอาด ดำเนินไปได้อย่างคล่องตัว และมีประสิทธิภาพ รวมทั้งบุคคล หน่วยงานและองค์การต่างๆ จะได้สามารถ ให้การสนับสนุนและร่วมดำเนินการได้อย่างเต็มที่และสะดวกยิ่งขึ้น
คุณหญิงทิพาวดี เมฆสวรรค์ นายสีมา สีมานันท์ และนายพุธทรัพย์ มณีศรี ได้ประชุมเพื่อพิจารณา จัดทำร่างข้อบังคับมูลนิธิตามคำแนะนำของนายมีชัย ฤชุพันธุ์ และได้ยื่นจดทะเบียนตั้งมูลนิธิ ต่อสำนักงานคณะกรรมการวัฒนธรรมแห่งชาติ เมื่อวันที่ ๕ มกราคม ๒๕๔๔ โดยให้ชื่อมูลนิธินี้ว่า “มูลนิธิประเทศไทยใสสะอาด” หรือชื่อย่อว่า “มทสส.” และมีชื่อเป็นภาษาอังกฤษว่า “Foundation for a Clean and Transparent Thailand” หรือชื่อย่อว่า “FaCT” และได้รับอนุญาตให้จดทะเบียนเป็นนิติบุคคล เมื่อวันที่ ๙ มีนาคม ๒๕๔๔ โดยมีท่านผู้หญิงนิรมล สุริยสัตย์ ผู้ล่วงลับไปแล้ว เป็นประธานกรรมการคนแรก และเมื่อวันที่ ๙ ธันวาคม ๒๕๔๕ ที่ประชุมสามัญประจำปี ๒๕๔๕ มีมติให้ดร.สุเมธ ตันติเวชกุล เป็นประธานกรรมการ
ต่อมา ที่ประชุมสามัญประจำปี ๒๕๕.. มีมติให้นายแพทย์จักรธรรม ธรรมศักดิ์ เป็นประธานกรรมการ และ ดร.สุเมธ ตันติเวชกุล เป็นประธานกรรมการกิติมศักดิ์ เช่นเดียวกับ ฯพณฯ พลเอกเปรม ติณสูลานนท์ ที่เป็นประธานกิติมศักดิ์อยู่เดิม และกระทรวงการคลังได้ประกาศกำหนดให้มูลนิธิประเทศไทยใสสะอาด เป็นองค์การหรือสถานสาธารณกุศล ลำดับที่ ๕๒๒ ของประกาศกระทรวงการคลังฯ (ฉบับที่ ๒๕๕)ฯ ลงวันที่ ๑๖ กรกฎาคม ๒๕๔๖