การอนุญาตให้นักเรียนทุนฯ ทำประกันสุขภาพกับสถานศึกษา ก่อให้เกิดความไม่เท่าเทียมกันทางด้านสิทธิประโยชน์/การคุ้มครอง และการจ่ายค่าเบี้ยประกัน เพราะประกันสุขภาพและอัตราค่าเบี้ยประกันของแต่ละสถานศึกษาไม่เท่ากัน นอกจากนี้แผนประกันฯ ของบางสถานศึกษายังมี Deductible หรือ Copay ราคาสูง ซึ่งนักเรียนทุนฯจะต้องรับผิดชอบจ่ายเองด้วยอีกทั้งมีสถานศึกษาหลายแห่งที่ไม่ครอบคลุมประกันในภาคฤดูร้อน หากนักเรียนไม่ลงทะเบียนในภาคฤดูร้อน เป็นต้น สนร. จึงจัดทำประกันสุขภาพกลางขึ้นโดยมุ่งหวังที่จะลดปัญหาดังกล่าว เพื่อให้นักเรียนทุนฯ ได้รับสิทธิประโยชน์และการคุ้มครองที่เท่าเทียมกัน

นอกจากนี้การจัดทำประกันสุขภาพกลางไม่ได้จำกัดการให้บริการเพียงแค่นักเรียนทุนรัฐบาลเท่านั้น สำหรับนักเรียนทุนพิเศษหรือข้าราชการลาศึกษาที่อยู่ภายในความดูแลของสำนักงาน ก.พ. หรือนักเรียนทุนฯ ที่ใช้เวลาศึกษาเกินกว่าระยะเวลาที่ทุนกำหนดไว้ และกำลังศึกษาด้วยทุนส่วนตัวที่สนใจก็สามารถขอทำประกันสุขภาพกลาง ผ่าน สนร. ได้เช่นกันโดยให้แจ้งความประสงค์ที่หน่วยนักเรียนที่ดูแลท่านอยู่

สนร. จะติดต่อบริษัทประกันฯ อย่างน้อย 3 บริษัทให้เสนอกรมธรรพ์ประกันของนักเรียนทุนฯ กับ สนร. โดย สนร. จะใช้หลักเกณฑ์การพิจารณาเลือกบริษัทประกันฯ ดังนี้
1. สิทธิประโยชน์และการคุ้มครองที่สูงสุด
2. ค่าเบี้ยประกันที่สมเหตุสมผล
3. ความพอใจในการให้บริการของนักเรียนทุนฯ (โดยยึดจากแบบสำรวจความคิดเห็นของนักเรียนทุนฯ) และการบริการอื่นๆ ที่ให้กับ สนร.
4. ความครอบคลุมของเครือข่ายบุคคลากรทางการแพทย์และสถานพยาบาล (Network Provider)
5. เป็นบริษัทประกันสุขภาพที่มีมาตรฐานดีน่าเชื่อถือ เป็นที่ยอมรับของสถานศึกษา และจัดอยู่ในอันดับ AAA+

บริษัทประกันฯส่วนใหญ่ทุกแห่งจะใช้เวลาในการพิจารณาเบิกเงินคืนนานเท่าใดนั้นแล้วแต่กรณี ในกรณีทั่วไปที่เอกสารประกอบการขอเบิกเงินครบถ้วน มักจะใช้เวลาไม่เกิน 30 วัน แต่ในบางกรณีที่เอกสารประกอบการเบิกไม่ครบถ้วน นั้น บริษัทประกันฯ อาจให้นักเรียนทุนฯ ยื่นเอกสารอื่นเพิ่มเติม หรืออาจปฏิเสธการจ่ายโดยระบุเหตุผล ซึ่งอาจใช้เวลารวมแล้วนานถึง 60 วัน ได้

ระเบียบค่าใช้จ่ายของนักเรียนทุนฯ จ่ายให้เฉพาะค่าประกันสุขภาพที่ สนร. จัดหาให้ หรือไม่เกินอัตราขั้นต่ำที่สถานศึกษากำหนด เท่านั้น สนร. จึงไม่สามารถจัดทำประกันที่ครอบคลุมประกันฟัน และสายตาให้กับนักเรียนทุนฯ ได้ ซึ่งหมายรวมถึงนักเรียนทุนฯ ที่ทำประกันสุขภาพกับสถานศึกษา แม้ว่าสถานศึกษาจะจัดบริการประกันฟันหรือสายตาให้นักเรียนก็ตาม แต่เป็นหน้าที่รับผิดชอบของนักเรียนทุนฯ ที่ต้องจ่ายค่าประกันฟันหรือสายตาส่วนนั้นเอง

อย่างไรก็ดี นักเรียนทุนฯ มีสิทธิ์ขอเบิกค่าถอนฟัน อุดฟัน และรักษารากฟัน ได้ครึ่งหนึ่ง (แต่ไม่มีสิทธิ์เบิกค่าทำความสะอาดฟัน ใส่ฟันเทียม และครอบฟัน) อ่านรายละเอียดเพิ่มเติมได้ที่นี่ และบริษัทฯประกันของ สนร. มีบริการเพิ่มเติมแยกออกเป็น Discount Program ซึ่ง นักเรียนทุนฯ อาจจัดซื้อเพิ่มเติมเป็นการส่วนตัว (เบิกทางราชการไม่ได้) กับบริษัทประกันสุขภาพโดยตรง ทั้งนี้ขอให้นักเรียนทุนฯศึกษารายละเอียดเพิ่มเติมได้จากบริษัทประกันสุขภาพตามรายละเอียดด้านหลังบัตรประกันสุขภาพก็ได้